Η Συλλογή Προκολομβιανής τέχνης αποτελεί δωρεά του Γεωργίου Γόντικα και περιλαμβάνει αντικείμενα που ανήκουν στους λεγόμενους «Πολιτισμούς των Άνδεων» της Νοτίου Αμερικής. Με τον γενικό όρο «Πολιτισμοί των Άνδεων» δηλώνονται οι πολλές πολιτισμικές ομάδες που ζούσαν στην οροσειρά των Άνδεων και είχαν κοινή λατρεία και τεχνολογία. Η εκτεταμένη αυτή περιοχή διακρίνεται σε τρείς ζώνες: τις Βόρειες Άνδεις (Κολομβία, Ισημερινός και ενα μικρό τμήμα του Περού), τις κεντρικές Άνδεις (τα υψηλά οροπέδια του Περού και της Βολιβίας) και προς νότον, την έρημο της Χιλής.
Επειδή ελάχιστες είναι οι γραπτές πηγές που σώζονται, τα πορίσματα των αρχαιολογικών ερευνών παρέχουν πολύτιμα δεδομένα για τη συγκρότηση της εικόνας για τη ζωή των Προκολομβιανών ομάδων και για τον εξαιρετικό, πλην όμως ακόμη άγνωστο, πολιτισμό τους. Η Συλλογή Προκολομβιανής Τέχνης ρίχνει φως σε πολλές από τις όψεις της ζωής των ανθρώπων της Προκολομβιανής Αμερικής: στην τεχνολογία, τις τελετές, τα υλικά, τα ενδύματα, τις τελετουργίες, την ιδεολογία. Η Συλλογή αποτελεί τη μόνη που έχει καταγραφεί στην Ελλάδα με αντικείμενα από την Κεντρική και Νότιο Αμερική, που συγκεκριμένα προέρχονται από πολιτισμούς του Ισημερινού, του Περού, της Κόστα Ρίκα και του Μεξικού, και περιλαμβάνουν πάνω από 200 τέχνεργα και μια εντυπωσιακή ομάδα 2.355 σφονδυλίων.
Μείζον στοιχείο της Προκολομβιανής ζωής αποτελούσε η θρησκεία που ηταν ανιμιστική, αφού θεοποιούσε φυσικές δυνάμεις, ιερούς τόπους και αντικείμενα. Πολλές από αυτές τις δυνάμεις ήταν αντιθετικές, αλλά ωστόσο μεταξύ τους συμπληρωματικές, εφόσον η θρησκεία διεπόταν απο την έννοια του δυϊσμού. Οι λατρευτικές πρακτικές στην Κεντρική και τη Νότιο Αμερική εμφανίζουν κοινά στοιχεία, παρά τις επιμέρους διαφοροποιήσεις τους, και υποδεικνύουν τη συμβολική και θρησκευτική αλληλεπίδραση μεταξύ των δύο αυτών περιοχών.
Ορισμένες τελετές περιλάμβαναν προσφορές σε υπερφυσικές δυνάμεις, είτε «φυσώντας» το πνεύμα από καπνίζοντα φύλλα κόκας στις κορυφές των βουνών είτε με σπονδές μπύρας από αραβόσιτο («chicha») στη «Μητέρα Γη», γνωστή ως «Pachamana» στη διάλεκτο «Quechua», ή πραγματοποιώντας προσφορές καύσεων. Ειδική κοινωνική ομάδα που σχετιζόταν με την αριστοκρατία ήταν οι σαμάνοι και οι ιερείς. Ως μεσολαβητές μεταξύ της πραγματικότητας και του κόσμου των πνευμάτων, οι σαμάνοι διαδραματίζουν ακόμη και σήμερα σημαντικό ρόλο στις κοινότητες των ιθαγενών ομάδων.
Πρωταρχική πηγή για την αναγνώριση χαρακτηριστικών στοιχείων της Προκολομβιανής ζωής, όπως εμφανίζεται ανάγλυφα με τα αντικείμενα της Συλλογής Γόντικα, αποτελούν τα επαναλαμβανόμενα εικονογραφικά θέματα. Παρατηρούμε ότι οι κεφαλές-τρόπαια και οι ιερείς (ή/και σαμάνοι) κυριαρχούν στα αγγεία Nasca, ενώ στοιχεία από την ντόπια χλωρίδα και πανίδα διακοσμούν τα σφονδύλια από τον Ισημερινό. Πράγματι, οι πολιτισμικές αξίες της καθημερινής και της τελετουργικής ζωής είχαν τον αντίκτυπό τους και στη τέχνη. Τα αγγεία των Moche απεικονίζουν κατά προτίμηση σκηνές μάχης, αιχμαλώτους, ζώα και φυτικά θέματα, στα οποία οι κεραμείς απέδιδαν ανθρώπινα και θεϊκά χαρακτηριστικά. Πολλά ζώα, όπως λόγου χάρη ο ιαγουάρος, το πούμα, ο αετός και η κουκουβάγια, κυριαρχούνταν απο ανθρώπινα πνεύματα και δυνάμεις. Εξαιρετική είναι η απεικόνιση θεοτήτων, όπως ο «Άρχοντας Sicán» και το «Ανθρωπόμορφο Μυθικό Ον» της τέχνης των Nasca. Η συλλογή ολοκληρώνεται με έργα της περιόδου της Αποικιοκρατίας, όπως η διπλή πρόχους, στην οποία διακρίνουμε συνδυασμό των Προκολομβιανών τεχνικών με άλλες που εισήχθησαν από τους Αποικιοκράτες (εφυάλωση).
