To Μουσείο Εκμαγείων ανήκει στον Τομέα Αρχαιολογίας του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής (ΠΔ 89/3.2.1977). Στεγάζεται στο ισόγειο του κτηρίου της Φιλοσοφικής Σχολής δίπλα στο αμφιθέατρο «Δάκαρη».
Η οργάνωση και συγκρότηση της διδακτικής Συλλογής στο Μουσείο Εκμαγείων είχε ως κύριο σκοπό να μετριάσει. την απομακρυσμένη θέση του ηπειρωτικού Πανεπιστημίου από τα μεγάλα αρχαιολογικά Μουσεία. Ως εκ τούτου δημιουργήθηκε το 1967 από τον Ομότιμο Καθηγητή της Κλασικής Αρχαιολογίας Σωτήριο Δάκαρη η πρώτη συλλογή αντιγράφων από αντιπροσωπευτικά δείγματα της αρχαίας ελληνικής γλυπτικής όλων των περιόδων της αρχαίας ελληνικής τέχνης. Ο εμπλουτισμός της Συλλογής με την αγορά εκμαγείων από το Υπουργείο Πολιτισμού (ΤΑΠΑ) συνεχίστηκε έως το 2000 με τη φροντίδα της Ομότιμης Καθηγήτριας της Κλασικής Αρχαιολογίας Λίλας Μαραγκού.
Εκτός από τα αντίγραφα γλυπτών έργων, το Μουσείο περιλαμβάνει και πρωτότυπα αρχαιολογικά αντικείμενα, αντιπροσωπευτικά των κατηγοριών της κεραμικής και της μικροτεχνίας, όπου το υλικό κατασκευής, ο πηλός, ή ο λίθος για την κατηγορία των εργαλείων, έχουν ιδιαίτερη σημασία. Έτσι, το Μουσείο Εκμαγείων λειτουργεί συγχρόνως και ως εργαστήριο επεξεργασίας- μελέτης αρχαιολογικού υλικού. Τα πρωτότυπα αντικείμενα προέρχονται από δωρεές της Εφορείας Αρχαιοπωλείων και Ιδιωτικών Συλλογών, από την ΣΤ΄ και την ΙΕ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, από το Αρχαιολογικό Μουσείο της Καβάλας, καθώς και από δωρεές ιδιωτών.
Τα γλυπτά της Συλλογής στην πλειονότητά τους είναι ακριβή αντίγραφα γλυπτών της αρχαϊκής, κλασικής και ελληνιστικής εποχής από το Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο, από το Μουσείο Ακροπόλεως και το Μουσείο του Κεραμεικού της Αθήνας και ένα γλυπτό από το Μουσείο του Λούβρου. Τα κυκλαδικά ειδώλια αντιπροσωπεύονται με ένα αντίγραφο, όπως επίσης και η γλυπτική των μυκηναϊκών χρόνων.
Ειδικότερα, ταξινομημένα κατά εποχές, τα γλυπτά έργα της Συλλογής κατανέμονται ως εξής: Την αρχαϊκή γλυπτική αντιπροσωπεύουν αγάλματα κούρων και κορών ( από νεκροταφεία και ιερά), και επιτάφιες στήλες. Στην περίοδο του αυστηρού ρυθμού ανήκουν αντιπροσωπευτικά χάλκινα έργα της Συλλογής (ο Ηνίοχος των Δελφών, ο Ποσειδώνας ή Δίας του Αρτεμισίου). Στη γλυπτική των κλασικών χρόνων συγκαταλέγονται ο «Διαδούμενος» του Πολυκλείτου, ο Έφηβος του Μαραθώνα, η κεφαλή του Ερμή του Πραξιτέλη, πολλές ανάγλυφες επιτάφιες στήλες (η στήλη της Ηγησούς, του Χαιρεδήμου και Λυκέα, του Δεξίλεω) καθώς και αναθηματικά ανάγλυφα (το μεγάλο ελευσινιακό ανάγλυφο, ανάγλυφα από το ιερό της Βραυρωνίας Αρτέμιδος). Από τα μνημεία της Ακρόπολης προέρχονται μια πλάκα από τη βόρεια πλευρά της ζωφόρου του Παρθενώνα (ιππείς) και μια ανάγλυφη πλάκα από το Θωράκειο του Ναού της Αθηνάς Νίκης.
Στην τέχνη των ελληνιστικών χρόνων ανήκουν το άγαλμα της Αφροδίτης της Μήλου καθώς και μαρμάρινες κεφαλές πορτραίτων ποιητών και φιλοσόφων (Σαπφώ, Μένανδρος, Δημοσθένης).
Το δεύτερο σύνολο στο Μουσείο Εκμαγείων αποτελούν τα πρωτότυπα αντικείμενα. Ιδιαίτερη σημασία έχει η πολυμορφία του υλικού. Αναλυτικότερα, στα προϊστορικά χρόνια ανήκουν δείγματα Παλαιολιθικής λιθοτεχνίας από την Ήπειρο: πυρήνες, φολίδες, λεπίδες και εργαλεία από λίθο (πυριτόλιθο), καθώς και δείγματα Μεσολιθικής λιθοτεχνίας. Όστρακα κεραμικής της Αρχαιότερης, Μέσης και Νεότερης Νεολιθικής και των τριών φάσεων (Πρώιμης, Μέσης και Ύστερης) της Εποχής του Χαλκού, καθώς και θραύσματα ειδωλίων. Το Μουσείο διαθέτει επίσης αποσπασματικά διατηρημένα αγγεία, σε κατάσταση οστράκων, που αντιπροσωπεύουν ειδικές κατηγορίες αγγειογραφίας από τη Μυκηναϊκή περίοδο έως τους ύστερους ελληνιστικούς χρόνους. Χαρακτηριστικά δείγματα κεραμικής, αποτελούν τα όστρακα κορινθιακής κεραμικής των αρχαϊκών χρόνων, θραύσματα μελανόμορφων αττικών αγγείων (κύλικες και λήκυθοι), όστρακα από αγγεία ελληνιστικής περιόδου, άβαφη κεραμική καθώς και διάφορα είδη αντικειμένων: κέραμοι, υφαντικά βάρη, ειδώλια, μυλόλιθοι.
